Dalam pelaksanaan tugas LPPM, Ketua Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat dibantu oleh Sekretaris, Kepala Bagian Tata Usaha, Program Data dan Informasi, Koordinator Umum yang mencakup Kepala Unit Penelitian, Kepala Unit PkM, Kelompok Riset STIQSI, Cluster al-Qur’an dan Sains, Cluster Al-Qur’an dan Studi Islam, Cluster Al-Qur’an dan Falsafah.
Sebagai berikut bagan struktur organisasi LPPM STIQSI Lamongan:
