Sasaran serta arah kebijakan strategis LPPM adalah sebagai berikut:
- Mengembangkan budaya penelitian multidisiplin dengan memacu inovasi ilmu pengetahuan yang bermanfaat bagi kepentingan bangsa, negara, dan kemanusiaan
- Pemetaan kebutuhan aturan dan kebijakan pengembangan serta penyediaan aturan dan kebijakan penguatan dan pengembangan penelitian.
- Penguatan budaya penelitian dan riset multi dan interdisiplin berbasis area-area strategis bagi bangsa menuju kesejahteraan dan kedaulatan bangsa.
- Pengembangan riset integratif (Ilmu Al-Qur’an dan Sains serta Humaniora), komprehensif, dan kolaboratif.
- Pengembangan penelitian untuk kemandirian dan kedaulatan serta tata niaga kebutuhan pokok masyarakat.
- Penguatan penelitian untuk mendukung pengembangan kabupaten Lamongan mencapai visinya.
- Penguatan penelitian untuk mendukung pengembangan regional Jawa Timur mencapai visinya.
- Penguatan penelitian untuk mendukung pengembangan Indonesia mencapai visinya.
- Penguatan penelitian-penelitian dasar/ fundamental serta penelitian-penelitian eksploratif untuk pemetaan kondisi social masyarakat.
- Memperkuat etika dan integritas sumber daya manusia STIQSI serta a. Pengembangan sistem manajemen etik dan penguatan integritas untuk mendukung budaya penelitian yang kuat. 26 SASARAN PROGRAM STRATEGIS memperkuat kemampuan mengelola dan berkontribusi dalam penelitian untuk menopang kemantapan, kemanfaatan, kesempurnaan proses, kematangan, keunggulan organisasi dan tata kelola, dan keterpercayaan STIQSI.
- Pengembangan sistem manajemen etik dan penguatan integritas untuk mendukung budaya penelitian yang kuat.
- Penguatan manajemen organisasi penelitian untuk mendukung produktivitas keilmuan civitas akademika STIQSI.
- Pengembangan program pemandatan penelitian dan pengembangan kapasitas bagi SDM dan unit-unit dengan produktivitas keilmuan unggul.
- Pengembangan program afirmatif bagi SDM dan bidang-bidang dedikatif untuk memperkuat kontribusi STIQSI dalam bidang penelitian.
- Memperkuat sistem, organisasi, dan tata kelola penelitian dengan menjalankan reformasi birokrasi untuk menciptakan layanan prima dalam bidang penelitian serta penguatan sistem inovasi dalam menjalankan penelitian, meningkatkan kepercayaan pemegang pancang (stakeholders), dan memberikan fasilitas bagi dosen dan para peneliti serta jaminan kesejahteraan berdasarkan birokrasi yang bersih dan bebas korupsi, kolusi, dan nepotisme.
- Penguatan peranan kelembagaan penelitian melalui dorongan peningkatan dan pengembangan manajemen organisasi penelitian.
- Penguatan peranan kelembagaan penelitian melalui sertifikasi dan akreditasi laboratorium pusat/ terpadu menuju standar internasional.
- Penguatan peranan Pusat Studi dalam pelaksanaan penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan publikasi serta penghiliran hasil-hasil penelitian.
- Pengembangan dan peningkatan serta pembaruan fasilitas penelitian dan laboratorium secara terpadu dan berkelanjutan.
- Peningkatan jumlah dan kualitas publikasi hasil penelitian pada jurnal internasional bereputasi.
- Peningkatan jumlah dan kualitas kekayaan intelektual termasuk di dalamnya hak cipta.
- Peningkatan pemanfaatan hasil penelitian untuk kepentingan strategis, kebijakan, dan industri.
- Meningkatkan kemampuan pendanaan penelitian dengan melibatkan pemangku kepentingan eksternal dengan memperkuat dan mengembangkan kerjasama nasional dan internasional untuk peningkatan infrastruktur penelitian, reformasi pendanaan, dan perbaikan mutu dan infrastruktur penyelenggaraan penelitian.
- Peningkatan dan penguatan kerjasama strategis nasional dan internasional.
- Pengembangan skema-skema inovatif kerjasama kelembagaan untuk peningkatan dan penguatan infrastruktur dan fasilitas penelitian, pendanaan penelitian, dan amplifikasi dampak penelitian.
- Peningkatan kerjasama untuk penguatan kelembagaan penelitian, sertifikasi peneliti dan fasilitas pendukung penelitian, serta penguatan kapasitas organisasi penelitian.